Institute of Graduate Education

Academic Members

Selim  KALAYCI

Selim Kalaycı,  Faculty Member, PhD

CV

Research Areas: Data Science, Data Visualization, Bioinformatics Analysis, Machine Learning

Main Areas: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği,  Büyük Data,  Biyoenformatik, 

Whole-brain resting-state connectivity underlying impaired inhibitory control during early versus longer-term abstinence in cocaine addiction
2023 - Uluslararası Hakemli
Molecular Psychiatry, Zilverstand Anna,Parvaz Muhammad A.,Moeller Scott J.,KALAYCI SELİM,Kundu Prantik,Malaker Pias,Gümüş Zeynep H.,Goldstein Rita Z.
Comprehensive Immunoprofiling of Pediatric Zika Reveals Key Role for Monocytes in the Acute Phase and No Effect of Prior Dengue Virus Infection
2020 - Uluslararası Hakemli
Cell Reports, Michlmayr Daniela, Kim Eun-young, Rahman Adeeb H., Raghunathan Rohit, Kim-Schulze Seunghee, Che Yan, KALAYCI SELİM, Gümüş Zeynep H., Kuan Guillermina, Balmaseda Angel, Kasarskis Andrew, Wolinsky Steven M., Suaréz-Fariñas Mayte, Harris Eva
ProNetView-ccRCC: A Web-Based Portal to Interactively Explore Clear Cell Renal Cell Carcinoma Proteogenomics Networks
2020 - Uluslararası Hakemli
PROTEOMICS, KALAYCI SELİM, Petralia Francesca, Wang Pei, Gümüş Zeynep H.
Integrated Proteogenomic Characterization across Major Histological Types of Pediatric Brain Cancer
2020 - Uluslararası Hakemli
Cell, Petralia Francesca, Tignor Nicole, Reva Boris, Koptyra Mateusz, Chowdhury Shrabanti, Rykunov Dmitry, Krek Azra, Ma Weiping, Zhu Yuankun, Ji Jiayi, Calinawan Anna, Whiteaker Jeffrey R., Colaprico Antonio, Stathias Vasileios, Omelchenko Tatiana, Song Xiaoyu, Raman Pichai, Guo Yiran, Brown Miguel A., Ivey Richard G., Szpyt John, Thakurta Sanjukta Guha, Gritsenko Marina A., Weitz Karl K., KALAYCI SELİM, Lopez Gonzalo, Gümüş Zeynep H., Yoo Seungyeul, Leprevost Felipe da Veiga, Wang Pei
Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2019 - Uluslararası Hakemli
Cell, Clark David J., Dhanasekaran Saravana M., Petralia Francesca, Pan Jianbo, Song Xiaoyu, Hu Yingwei, Leprevost Felipe da Veiga, Reva Boris, Lih Tung-Shing M., Chang Hui-Yin, Ma Weiping, Huang Chen, Ricketts Christopher J., Chen Lijun, Krek Azra, Li Yize, Rykunov Dmitry, Li Qing Kay, Chen Lin S., ÖZBEK UMUT, Vasaikar Suhas, Wu Yige, Yoo Seungyeul, Chowdhury Shrabanti, Wyczalkowski Matthew A., Ji Jiayi, Schnaubelt Michael, Kong Andy, Sethuraman Sunantha, Avtonomov Dmitry M., Ao Minghui, Colaprico Antonio, Cao Song, Cho Kyung-Cho, KALAYCI SELİM, Ma Shiyong, Liu Wenke, Ruggles Kelly, Calinawan Anna, Gümüş Zeynep H., Geiszler Daniel, Kawaler Emily, Teo Guo Ci, Wen Bo, Zhang Yuping, Keegan Sarah, Li Kai, Chen Feng, Edwards Nathan, Pierorazio Phillip M., Chen Xi Steven, Pavlovich Christian P., Hakimi A. Ari, Brominski Gabriel
ImmuneRegulation: a web-based tool for identifying human immune regulatory elements
2019 - Uluslararası Hakemli
Nucleic Acids Research, KALAYCI SELİM, Selvan Myvizhi Esai, Ramos Irene, Cotsapas Chris, Harris Eva, Kim Eun-young, Montgomery Ruth R., Poland Gregory, Pulendran Bali, Tsang John S., Klein Robert J., Gümüş Zeynep H.
Comprehensive functional genomic resource and integrative model for the human brain
2018 - Uluslararası Hakemli
Science, Wang Daifeng, Liu Shuang, Warrell Jonathan, Won Hyejung, Shi Xu, Navarro Fabio CP, Clarke Declan, Gu Mengting, Emani Prashant, Yang Yucheng T., Xu Min, Gandal Michael J., Lou Shaoke, Zhang Jing, Park Jonathan J., Yan Chengfei, Rhie Suhn Kyong, Manakongtreecheep Kasidet, Zhou Holly, Nathan Aparna, Peters Mette, Mattei Eugenio, Fitzgerald Dominic, Brunetti Tonya, Moore Jill, Jiang Yan, Girdhar Kiran, Hoffman Gabriel E., KALAYCI SELİM, Gümüş Zeynep H., Crawford Gregory E., Roussos Panos, Akbarian Schahram, Jaffe Andrew E., White Kevin P., Weng Zhiping, Sestan Nenad, Geschwind Daniel H., Knowles James A., Gerstein Mark B.
Exploring Biological Networks in 3D, Stereoscopic 3D, and Immersive 3D with iCAVE
2018 - Uluslararası Hakemli
Current Protocols in Bioinformatics, KALAYCI SELİM, Gümüş Zeynep H.
iCAVE: an open source tool for visualizing biomolecular networks in 3D, stereoscopic 3D and immersive 3D
2017 - Uluslararası Hakemli
GigaScience, Liluashvili Vaja, KALAYCI SELİM, Fluder Eugene, Wilson Manda, Gabow Aaron, Gümüş Zeynep H.
Managing Faults for Distributed Workflows over Grids
2010 - Uluslararası Hakemli
IEEE INTERNET COMPUTING, Ezenwoye Onyeka, Blake M. Brian, Dasgupta Gargi, Sadjadi S. Masoud, KALAYCI SELİM, Fong Liana L.
Optimization Patterns for the Decentralized Orchestration of Parameter-Sweep Workflows
2014 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Pattern-based Decentralization and Run-time Adaptation Framework for Multi-site Workflow Orchestrations
2013 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Distributed and Adaptive Execution of Condor DAGMan Workflows
2010 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Task Decomposition for Adaptive Data Staging in Workflows for Distributed Environments
2009 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Design and implementation of a fault tolerant job flow manager using job flow patterns and recovery policies
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Design of a Fault-tolerant Job-flow Manager for Grid Environments Using Standard Technologies, Job-flow Patterns, and a Transparent Proxy
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Runtime fault-handling for job-flow management in grid environments
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Enabling autonomic meta-scheduling in grid environments
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
A self-configuring communication virtual machine
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Transparent grid enablement of weather research and forecasting
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,
Enabling interoperability among metaschedulers
2008 - Uluslararası
Mühendislik Temel Alanı>Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği>Büyük Data>Biyoenformatik>Yapay Öğrenme ,