İstinye Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Tezli Yüksek Lisans Programı öğrencilerin bilgisayar mühendisliği, bilgisayar bilimi ve aynı zamanda bunları destekleyen matematiksel temellerle ilgili lisans düzeyinde edinilen bilgi ve deneyimleri daha da ileri taşımalarına yardımcı olmak maksadını taşımaktadır. Bunu hem pratikte karşılaşılan hesapsal problemleri çözme becerisini seçilmiş bazı alt-disiplinler bünyesinde geliştirerek, hem de akademik yazma ve araştırma çalışmaları sayesinde öğrencilere bilimsel faaliyetlerle ilgili fikir vererek yapmayı hedeflemektedir.
Mezun olan öğrenciler hem endüstride hem de akademide daha ileri çalışmalar için bir başlangıç noktası seçebilecek donanıma sahip olacaktır. Kaliteli yayınların teşvik edilmesi ve yayın sayısının artırılması, sanayi işbirliği projeleri, Avrupa Komisyonu ve TÜBİTAK destekli projelerin üretilmesi, ve tersine beyin göçünü teşvik hedeflerimiz arasındadır.